Ожидание выполнения Javascript широкий вопрос, ответ на который зависит от объекта ожидания, используемого Javascript framework и используемого браузера.
На эту тему посмотрите
Selenium WebDriver : Wait for complex page with JavaScript(JS) to load
http://stackoverflow.com/questions/10720325/selenium-webdriver-wait-for-complex-page-with-javascriptjs-to-load
Более стабильной альтернативой может быть ожидание появления или исчезновения элементов, управляемых через Javascript логику.